Родился 8 мая 1881 г. в местечке Петрикове Мозырского уезда Минской губернии в семье священника Димитрия Пашина, служившего помощником настоятеля местной Свято-Воскресенской церкви.

21 октября 1901 г. был рукоположен в диакона, а 22 октября в сан священника, получив второе место при Покровской церкви с. Князь-Озеро Мозырского уезда (ныне д. Красное Озеро Солигорского района Минской области). 15 февраля 1903 г. отец Иоанн назначен настоятелем Скрыгаловской Свято-Никольской церкви на место своего деда, вышедшего за штат и уступившего приход внуку. В 1915 г. отец Иоанн овдовел. После смерти супруги он решил продолжить духовное образование и в 1916 г. поступил на первый курс Петроградской духовной академии. В начале 1917 / 18 учебного года, ввиду прекращения учебных занятий в академии, он по прошению был переведен в Московскую духовную академию, однако по обстоятельствам времени так и не смог продолжить образование.

 В тяжелые послереволюционные годы гонений и церковной смуты, деятельный и ревностный протоиерей обратил на себя внимание Минского епископа Мелхиседека (Паевского). 25 марта / 7 апреля 1923 г. в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы в Минском кафедральном соборе протоиерей Иоанн был возведен в сан епископа Мозырско-Туровского викариатства.

 Местом своего пребывания епископ Иоанн избрал г. Петриков, откуда был родом. Деятельность епископа Иоанна привлекла к себе внимание властей и весной 1926 г. он был выслан из Петрикова. Остановившись на жительство в г. Лоеве Гомельского округа, епископ Иоанн оттуда продолжал управлять своей епархией.

В сентябре 1926 г. власти приговорили его к трехлетней ссылке в Зырянский край, после которой он в августе 1929 г. был переведен на «вольное поселение» в г. Рыльск Курской области. Здесь епископ Иоанн Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским) был назначен викарием Курского архиепископа Дамиана (Воскресенского).

28 сентября 1932 г. епископ Иоанн был арестован по обвинению в принадлежности к никогда не существовавшей организации под названием «Ревнители Церкви», являвшейся плодом измышлений ОГПУ. По разработанному ими сценарию он будто бы возглавлял «Рыльское объединение» этой мнимой организации. На допросах, проходивших традиционно в жестких формах, владыка Иоанн никого не оговорил и виновным себя не признал.

Тем не менее, постановлением Особого Совещания ОГПУ от 7 декабря 1932 г. епископ Иоанна приговорили к заключению в лагерь сроком на 10 лет.

5 января 1938 г. тройкой НКВД епископ Иоанн (Пашин) был приговорен к смертной казни и 11 марта того же года расстрелян в городе Чибью Коми области и погребен в безвестной могиле. В 1994 г. епископ Иоанн был реабилитирован.