Основателем пустыни был Афонский иеромонах Мартирий. 


В наши дни можно видеть красочный план того, как выглядел монастырь, называвшийся «Свято-Михайловско-Афонской общежительной пустынью» раньше.
 

В 1928 году монастырь был закрыт, все храмы и большинство зданий взорваны и разобраны на кирпичи. Сохранилась лишь трапезная Троицкого храма и несколько жилых и хозяйственных построек.

В 2001 году Русской Православной Церкви возвращено здание Храма и начинается возрождение монастыря, где трудятся во Славу Божью монахи.
     
 





Монастырь уникален своими Монастырскими пещерами и подземными ходами, которые пробиты в плотных песчаниках первыми монахами-отшельниками задолго до основания самого монастыря. Система подземных ходов Свято-Михайловского монастыря очень схожа со знаменитой системой Киевско-Печерской лавры.

 
Особенно прекрасна дорога, ведущая к монастырю: на все четыре стороны открывается изумительная панорама Кавказских гор. Белоснежные вершины Главного Кавказского хребта, плато Лагонаки, Тыбгинского, Чугушского и Фишт-Оштеновского горных узлов отсюда видны как на ладони.
       


 

 


На территории монастыря находится животворный родник. Сотни паломников из разных городов приезжают купаться в святой воде, посетить богослужение в монастыре, принять Таинство исповеди, исцеляя душу и тело. Источник носит имя Святого Великомученика и Целителя Пантелеимона. Расположен он на горе Физиабго, а дойти до него можно лишь лесными тропинками.